Online
Menyusul penutupan kasus "Laughing Man", Bagian 9 ditetapkan kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk memerangi ancaman terorisme dunia maya yang terus-menerus. Sebuah kelompok yang menamakan diri mereka "The Individual Eleven" telah mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota lain dari Bagian 9 menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena pengungsi asing yang terlantar akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Namun ketika anggota tim operasi khusus terus-menerus bertemu dengan Gouda Kazundo—seorang anggota terkemuka dari Badan Intelijen Kabinet—dalam perburuan mereka, mereka mulai curiga bahwa dia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi dan The Individual Eleven mungkin lebih berhubungan daripada yang mereka sadari... [Ditulis oleh MAL Rewrite]